La protection est l'obligation de respecter, de protéger et de réaliser les droits des individus, et elle est au cœur des activités de l'OIM, qui soutient les Etats dans l'exercice de leurs responsabilités dans ce domaine. Présentes dans tous les centres de transit de l'OIM au Niger, les équipes de protection de l'OIM reçoivent une formation spécialisée pour travailler avec les migrants considérés comme particulièrement vulnérables (enfants, femmes, familles, cas médicaux, victimes de la traite, personnes âgées, personnes handicapées, etc).

En raison de la nature du voyage impitoyable que les migrants entreprennent lorsqu'ils traversent le Niger ou lorsqu'ils rentrent chez eux depuis l'Algérie, la Libye et d'autres pays, de nombreux migrants subissent de graves traumatismes, des chocs ou de l'anxiété. En outre, le sentiment de honte est courant chez les migrants qui rentrent chez eux sans avoir atteint la destination prévue. Une équipe de psychologues formés au sein de l'unité de protection est présente dans tous les centres de transit de l'OIM pour fournir des soins à tout migrant exprimant un désir d'assistance.

Une grande partie des migrants sont des mineurs non accompagnés, parfois âgés d'à peine onze ans. Les lois et les normes internationales exigent que les mineurs non accompagnés reçoivent des soins spécialisés car ils sont parmi les plus vulnérables à l'exploitation. En étroite collaboration avec ses partenaires du ministère de la Promotion de la femme et de la Protection de l'enfant (MPFPE), le juge des mineurs et l'UNICEF, l'OIM fournit aux mineurs un hébergement séparé, un accès aux soins médicaux et psychologiques, ainsi que des cours éducatifs et professionnels. Les mineurs restent généralement plus longtemps dans les centres de transit de l'OIM que leurs homologues adultes, car le personnel de l'OIM dans le pays d'origine du mineur doit procéder à la recherche de la famille pour déterminer si l'environnement dans lequel ils retournent est sûr.

Conformément au mandat de l'OIM de lutter contre la traite des êtres humains et ses effets, l'équipe de protection est composée de personnel spécialement formé pour fournir des soins aux victimes de la traite. Le personnel de protection travaille en étroite collaboration avec l'agence gouvernementale responsable de la prise en charge des victimes de la traite, l'Agence nationale de lutte contre la traite des êtres humains et le trafic illicite de migrants (ANLTP/TIM), afin non seulement d'aider les victimes, mais aussi de former les acteurs concernés à l'identification et à l'orientation des cas présumés de traite.

En outre, dans le cadre des procédures standard élaborées conjointement avec le ministère de l'Intérieur et le HCR en 2016, les demandeurs d'asile identifiés dans le cadre du programme de l'OIM sont référés au HCR.